Teamet åpner en etterforskning når tre FBI-agenter dør i en eksplosjon etter et vellykket spaningsoppdrag. Deeks og Kensi innser at Hetty vet om forholdet deres.
Innenfor den amerikanske marinens etterforskningsorgan, NCIS, finnes det en spesialavdeling, Office of Special Projects (OPS), hvor man pågriper farlige forbrytere som utgjør en trussel for landets sikkerhet. Ved hjelp av falske identiteter og avansert teknologi drar teamets veltrente agenter ut på hemmelige oppdrag, og ofte setter de sine egne liv i fare for å få has på de kriminelle. Spesialagent G Callen er en kameleon som kan forvandle seg til hvem som helst for å infiltrere den kriminelle underverdenen. Partneren hans er spesialagent og overvåkingsekspert Sam Hanna, en tidligere marinesoldat som har vært stasjonert både i Afghanistan og Irak. Vi blir også kjent med agentene Kensi Blye og Dominic Vail, psykologen Nate og deres assistent Hetty. Teamet er utstyrt med det siste innen teknologi, og de blir ofte sendt inn i livsfarlige situasjoner hvor de er avhengige av hverandre for å beskytte både seg selv og Amerika.
