I slutten av forrige sesong stod både Booth og Brennan ovenfor vanskelige valg. Booth ble bedt om å returnere til hæren i 12 måneder, og Brennan ble tilbudt stillingen som leder for en karriereskapende utgraving. Nygifte Angela og Hodges bestemte seg for å ta en ferie og dro til Paris. I sesong seks blir enheten kalt tilbake til Jeffersonian for å hjelpe Cam med en vanskelig sak som kan skape problemer for en i gruppen. Og enheten må nok en gang løse en sak der erkefiendene deres, den sadistiske morderen Heather "Gravedigger" Taft, er innblandet. Det dukker også opp en ny skurk som har en personlig vendetta mot noen i enheten.